多组学数据整合挖掘与分析（网络）研讨会
多组学数据整合挖掘与分析（网络）研讨会
2023年4月14-16日 腾讯会议网络会议室
【背景介绍】
2022年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。这些项目中大部分都与编码基因有直接或间接的关联。其中，与通路（pathway）关联的有1349项，金额4.89亿；与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿，与甲基化相关的有213项，金额8748万，与突变相关的有190项，金额7410万；
如何获得有创新意义的疾病靶标基因（mRNA，Protein，lncRNA，circRNA，miRNA，Mutation等）是项目申请及文章写作时最常见的问题。
目前，多组学整合分析是一个非常热门且创新的方向。通过多组学整合分析我们可以更加快速、准确的找到与研究方向关联的biomarks。它的核心原理是期望通过高通量数据，找到所有基因在不同组学水平中的变化并进行分析，获得关键基因在各个组学都有显著作用。
多组学整合分析的原始数据来源有两种：（1）自己采集样本做高通量测序/芯片/质谱等；（2）使用公共数据库中的组学数据（比如TCGA、GEO、EBI、SRA、CGGA、PRIDE等）。
那么我们即便有了非常好的数据，又该怎么办呢？
用什么方法，什么工具？可以获得哪些结果，生成哪些图片呢？
基于这个目的，我们开展了该培训班。通过三天的学习，我们了解多组学整合分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。
【主要内容】详细内容见下文日程表
1.多组学分析常用数据库；
2.多组学分析常用软件和工具；
3.教授对应的图片制作方法（包含但不限于聚类热图、火山图、富集分析图、Venn图、pathwaymap）
【会议预期】
通过两天两晚的学习，了解多组学整合分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。
【讲师简介】
宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场培训班。
主办方：上海循掘生物科技中心
会议时间：2023年4月14-16日
会议地点：线上：腾讯会议网络会议室
通过腾讯会议直播
收费标准：会务费：线上：3200元/人；
优惠政策：
1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料
2.三人组团报名，每人优惠100元
3.四人组团报名，每人优惠200元，
4.六人组团报名缴费，可免1人会务费！
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：必须携带win10以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。
交费方式：
A：银行转账
账户名称：上海遐锦生物科技有限公司
账户号：31050179400000001610
开 户 行：中国建设银行上海马陆支行
B：支付宝转账
收款人：yonghong1028@126.com 户 名:金永红
C：公务卡支付
报名方式：
【会议日程】
时间安排 | 课程表 | 介绍 | |
第一天晚上 | 19:00~21:00 | 第1节：组学简介及生信概述 | 近年国自然中组学相关项目解读 |
组学原始数据的来源及质量判断 | |||
高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。 | |||
文献案例解读 | |||
21:00~22：00 | 第2节：软件安装 R包安装 | R简介及R包安装 R基础讲解 R函数 R包 | |
第二天及晚上 | 8:30~ 10:30 | 第3节：组学公共数据库 | TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)及数据下载 |
GEO数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载 | |||
EBI数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载 | |||
GEO2R工具使用 | |||
10:45~12:00 | 第4节：转录组差异基因筛选及功能富集分析 | 计算差异基因 -R limma包 或Excel公式 | |
主成分分析（PCA)图制作 | |||
聚类热图（heatmap）的制作——R pheatmap包 | |||
火山图（volcanoPlot）——R ggplot2包 或 Excel制作 | |||
箱式图（代码 或无代码制作） | |||
R clusterProfiler包富集分析 | |||
基因/蛋白功能富集分析——DAVID工具 | |||
功能富集分析 柱状图、条形图、气泡图、饼状图的R代码及Excel制作 | |||
13:30~17:30 | 第5节：多组学数据与临床预后分析 | 基因突变分析工具——cbioportal | |
在线预后分析工具——Ualcan | |||
本地生成KM曲线图——R survival包 | |||
相关性分析及散点图制作 | |||
19:00~22:00 | 第6节：转录组与蛋白组整合分析 | Venn 图制作 | |
蛋白与蛋白互作关系预测——STRING工具 | |||
网络图构建与美化——cytoscape软件 | |||
转录组与蛋白组整合关联分析思路文章实现 | |||
第三天 | 8:30~10:00 | 第7节：蛋白组与代谢组整合分析 | 代谢物功能富集分析——metaboanalyst工具 |
KEGG 数据库介绍及使用 | |||
pathway map制作 | |||
蛋白组与代谢组整合分析思路文章实现 | |||
10:15~12:00 | 第8节：全转录组整合分析 | 各类RNA简介及ceRNA介绍 | |
miRNA测序报告解读 | |||
circRNA测序报告解读 | |||
miRNA分析工具 | |||
lncRNA分析工具 | |||
13:30~15:30 | 第9节：其他组学整合思路 | 肠道菌群宏基因组与代谢组 | |
表观组与转录组整合 | |||
15:45-16:00 | 总结 | 总结及答疑 |
通过本次研讨会，您将学会以下作图:
示例图通路富集分析结果图
示例图聚类热图分析
示例图网络图
示例图 pathway map图
示例图关键基因的KM生存曲线图
示例图柱状图与venn图
示例图相关性散点图
【医药加】国自然专家一对一线上评审与修改指导流程方案
（国自然专家正在火热预约中）
医药加平台已经为上千位学员培训辅导过国自然标书，其中相当一部分学员都已经拿到了青年，地区，面上基金。
医药加可匹配上百位国自然评审专家（下文举例了医药加的10位国自然专家简介），都具有丰富的国自然标书评审经验，
流程一：先把标书初稿交给医药加，匹配相关研究领域的国自然专家，并预约专家评审辅导时间
流程二：国自然评审专家做标书评审与指导（一对一指导，腾讯会议1小时）
我们的国自然专家会看你标书的科学价值，创新性与可行性如何？立项是否充分？关键致命问题有哪些？再1小时内具体给您做指导。
流程三（如有进一步的需求，可拉讨论组）：经过专家评审指导之后，如有通过修改后命中标书的希望，再做专家一对一持续性互动修改辅导
（持续性指导是一直指导到你在系统提交标书为止），可以大大提升标书的命中率！
国自然专家简介
国自然专家一：T教授，博士生导师。先后主持973计划课题、国家自然科学基金重大研究计划课题等国家级重大项目。担任过多次基金项目的评审专家，将会以评审专家的角度来解析并回答上述的一系列问题，并且将与学员们采取现场互动的方式来授课，点评学员所写的标书存在的问题，赏析中标标书，让学员能在现场模拟撰写！自1998年来，年平均一对一辅导撰写国家自然科学基金60余份，平均中标率达50%以上。特别擅长评审的研究方向是：肠道微生物，代谢，中医药，药理，肿瘤，非编码RNA，免疫，衰老，脑神经科学等领域。
国自然专家二：
M教授，博士生导师。北京大学博士，斯坦福大学博士后，欧盟Erasmus+访问学者。主要从事肿瘤分子生物学，药理学等研究，在相关领域取得了令人瞩目的成就。在Blood、Cancer Research、Oncogene、Journal of Clinical Investigation、Journal of Biological Chemistry等著名杂志已发表研究论文60多篇，IF>400。主持重点国合等项目。评审重点、重点国合、优青、杰青等不同类型项目，经验丰富。
国自然专家三：
W教授，国内某高校教授，博士生导师。作为课题负责人先后主持肠道菌群与代谢组学研究国家级课题和部省级课题多项，并先后承担多项973计划课题中有关代谢组学方面的研究课题。所带领的团队主要采用代谢组学、生态学、生物信息学、分子生物学等多种宏观与微观相结合的方法，从宿主代谢与菌群微生态交互作用的角度对胃肠道疾病、神经退行性疾病的菌-肠-脑机制进行研究。目前已发表多篇SCI论文，在肠道菌群、代谢组学数据分析策略等相关领域受到了广泛关注和认可。
国自然专家四：
国内知名⾼校教授，博⼠⽣导师，曾在海外从事微⽣态与营养健康相关研究10余年，主要涉及肠道炎症反应、⼤肠癌发病机制以及肌⾁和脂肪⼲细胞⽣理的分⼦机制的研究，拥有⽣物医学、分⼦⽣物学、细 胞⽣物学和⽣物化学等⽅⾯深厚的理论研究及实验操作经验。近年来在Journal of Clinical Investigation, Nucleic Acids Research, PNAS,Cell Metabolism, Gastroenterology 等国际权威期刊发表SCI学术论⽂31篇，总影响因⼦~200，累计参与主持多项国⾃然基⾦及美国国⽴卫⽣研究院(NIH)资助的科学研究基⾦，申请发明专利4件，授权软件著作权1件。近年来在中国肠道⼤会、EMBL Conference、中华医学会等⾼⽔平会议进⾏微⽣物领域专题汇报，获得了业界的⼴泛关注和认可。
国自然专家五：
S教授，博士生导师，研究员，百名青年学科带头人。主要从事单细胞组学、空间组学及表观组学的生物信息分析与调控机制解析。
S教授长期从事单细胞以及表观组学的生物信息学分析及功能研究。阐明RNA修饰调控多种生理（胚胎发育、精子发生、神经发育等）和病理过程（肿瘤发生、肥胖等）的分子机理，并通过单细胞组学揭示癌症等疾病发生的分子机制。其科研成果以(共同)第一作者发表于Nature，Nature Cell Biology，Science Translational Medicine，Molecular Cell, Cell Research等多个具有国际影响力的权威期刊上，引用超过4000次。
国自然专家六：
H教授，博士生导师，主持国家重点研发计划“干细胞及转化研究”重点专项（首席科学家）、国家自然科学基金（5项）、国家重点研发计划发育编程及其代谢调节重点专项PI、上海市科委重大课题等30余项课题，累计经费9600万元。发表论文72篇，其中SCI论文42篇，总影响因子323。以第一作者或通讯作者（含共同）发表SCI论文25篇，总影响因子186，4篇影响因子大于20。申请专利11项，其中5项已授权，国际PCT专利1项。参加专著和国家统编教材编写9部，承担教学课题和学生创新指导课题8项。研究成果被评为中国科学十大进展、细胞出版社中国年度论文、上海市优秀发明金奖、上海医学科技奖二等奖、浦东新区科技进步一等奖等。
国自然专家七：
Q教授，博士生导师，博士生导师，重塑相关心血管疾病教育部重点实验室副主任。兼中国生理学会副秘书长及中国病理生理学会常务理事。长期从事代谢异常与重塑相关心血管疾病的发病机制及潜在靶点研究。在Circulation、Hepatology、J Hepatol等杂志发表论文50余篇。主持国家自然科学基金重大研究计划等项目6项，参与科技部重点研发计划2项，入选北京市海外高层次人才计划及教委长城学者计划等。
国自然专家八：
X教授，脂糖代谢实验室/重庆市重大代谢性疾病转化医学重点实验室，主任、教授、博士生导师、内分泌与代谢学科带头人；中国侨界(创新人才)贡献奖获得者；美国内分泌学会高级会员、美国生理学会、美国糖尿病协会会员；Journal of Neuroendocrinology等期刊审稿专家。近五年，主持国家级项目3项（国家自然科学基金重点项目1项、面上项目2项），省部级课题2项；发表通讯作者SCI 论文5篇；获得中华医学会科研奖励1项；培养博士1人，硕士16人。疾病转化医学重点实验室，主任、教授、博士生导师、内分泌与代谢学科带头人；重庆市生物化学与分子药理学重点实验室PI、脂糖代谢实验室实验室执行主任。中国侨界(创新人才)贡献奖获得者；美国内分泌学会高级会员、美国生理学会、美国糖尿病协会会员；Journal of Neuroendocrinology等期刊审稿专家。近五年，主持国家级项目3项（国家自然科学基金重点项目1项、面上项目2项）。
国自然专家九：
L教授，医院病理科主任、博士生导师、病理学科带头人；重庆市中青年骨干教师，霍英东青年教师奖获得者；USCAP会员，国际老年痴呆协会会员，中国神经科学学会会员，多个国内外期刊审稿专家。近五年，主持国家级项目4项（国家自然科学基金面上项目3项、青年基金项目1项），省部级课题3项；发表通讯作者SCI 论文二十余篇；培养博士1人，硕士23人，曾作为访问学者、访问教授分别留学加拿大、美国。
国自然专家十：
中科院研究员，中国科学院研究生院生物化学与分子生物学博士，2001-2008年任职于美国罗约拉大学医学中心神经科学部期间，曾与著名神经内分泌学专家Louis Van de Kar 教授、George Battaglia教授等合作从事神经药理学研究，共同主持和参与多项美国心脏协会和美国国家卫生部(NIH)项目。2008年回国以来主持多项国自然，评审国自然经验丰富。
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